A pályázatértékelés első fázisában jelenleg a Közös Szakmai Titkárság végzi a pályázatok formai és jogosultsági értékelését.
A pályázat nem egyértelmű pontjai esetén a Közös Szakmai Titkárság kérheti a Pályázót a szükséges adatok tisztázására, hiányzó dokumentumok pótlására a kért határidőig. A hiánypótlásra való felszólítást tartalmazó hivatalos értesítéseket várhatóan december első hetében küldi ki a KSzT az érintett pályázóknak.
Prioritásonként Projekt Kiválasztó Bizottságok kerülnek felállításra, melynek tagjai – a bontási ülés, majd a formai és jogosultsági ellenőrzés eredményeinek alapján – megvitatják az egyes pályázatokat, és javaslatot tesznek a pályázat további szakmai értékelésére vagy elutasítására és kizárására az értékelési folyamat következő szakaszából. A Közös Irányító Hatóság általi elfogadást követően a további szakmai értékelésre javasolt, illetve a kizárásra javasolt pályázatok listája a Közös Monitoring Bizottság elé kerül jóváhagyásra.
A formai-jogosultsági ellenőrzés várhatóan 2010. január közepén zárul le. Ezt követően a Közös Szakmai Titkárság minden egyes Pályázónak hivatalos értesítést küld, melyben tájékoztatást ad a következőkről:
- határidőig beérkezett-e a pályázat;
- milyen hivatkozási számot kapott a pályázat;
- a pályázat megfelelt-e az összes formai és jogosultsági kritériumnak;
- valamint további szakmai értékelésre kerül-e;
- amennyiben a pályázat nem kerül tovább szakmai értékelésre, az elutasítás indokait is ismertetik.
A pályázati értékelés második fázisa a pályázatok szakmai szempontú értékelése. A külső szakértők általi szakmai értékeléseket alapul véve Projekt Kiválasztó Bizottságok keretében fogják megvitatni az egyes projekteket. A nyertes pályázatokról és az odaítélt támogatási összegekről a program Közös Monitoring Bizottsága dönt. A végső döntés megszületése 2010 első negyedévében várható.
A támogatási szerződések aláírására terv szerint márciustól kerül sor, melyet követően elindulhat a projektek megvalósítása.